1、外观上

条纹：玛瑙隐晶质，有明显的条带纹理，玻璃光泽，而玉髓是微晶质，没有条带状纹理，玻璃到油脂光泽。

花纹：晶体表面带有花纹的是玛瑙，不带花纹的是玉髓。现在市场上，也会将没有花纹的玉髓称作是“玛瑙”，这与古代玛瑙的含义是不相符的。

2、内部结构上

玉髓和玛瑙虽然同属于石英的一种，但是因为各自的形成条件不同，所以内部结构也截然不同。玉髓属于含水石英的隐性晶体，和水晶十分接近，玻璃到油脂光泽，通透感极强，但玛瑙却是脱水二氧化硅的胶凝体，具玻璃光泽，通透稍逊与玉髓。