全内资的可持牌公司，最终由WOFE通过协议控制把内资公司的利润转移给香港公司或者开曼公司的外资股东。
　　
　　自新浪借VIE结构成功上市之后，中国互联网企业大多走的都是这条道路，如百度、世纪佳缘、新东方等等。
　　
　　但支付宝事件之后，VIE结构中的协议控制被无法保证股东利益。在该事件中，浙江阿里巴巴即为阿里巴巴集团协议控制的内资企业，但马云将支付宝业务转移至浙江阿里巴巴之下后，并未接受协议控制，阿里巴巴集团亦不再合并原来的支付宝收入。这让所谓的“协议控制”变成一纸空谈。
　　
　　凯威莱德律师事务所亚洲管理合伙人及大中华区公司业务主管李大诚（RockyT.Lee)律师称，通过对VIE架构的调整恰恰可以避免这一点。
　　
　　新架构的核心是：内资持牌公司，将境内利润以“商业合同对价”的方式直接支付给境外的公司，香港公司不再只是一个“壳”公司，而具有资产和实际运营业务。旧结构中的协议控制至今在中国法律框架下仍处于“灰色”地带。但新架构中的跨境合同将服从于香港法律管辖且会被要求实际履行，从而为外国投资者提供最大限度的法律保护。据了解，这个架构的更改可能需要几个月时间。
　　
　　改造之后的阿里巴巴，或可重建与美国投资者的信任。
　　
　　10月14日，阿里巴巴负责投资并购的副董事长、前CFO蔡崇信在斯坦福大学的一次交流会议上明确表示，因VIE结构，阿里巴巴不符合中国内地的上市规则，并暗指称，若某个交易市场（香港）反悔，阿里还会考虑。
　　
　　对阿里巴巴来说，香港始终是其最优的选择，这不仅与资本市场的地理位置有关，亦与阿里巴巴把什么业务装入上市公司有关。
　　
　　关联交易隐患
　　
　　一家看不懂的公司很难受到资本市场的青睐，股东会担心，马云随时可以在不告知股东的情况下对这家公司的业务或业绩进行调整
　　
　　据阿里多位高管向《财经》记者透露，阿里将采用事业部形式，择选优质资产和业务性资产上市，前者如阿里妈妈、天猫、航旅、音乐、B2B业务等正在或者即将产生正向现金流的业务线，后者如搜索、聚划算、阿里云等具有想象力的业务。阿里巴巴集团官方向《财经》记者回应称，除了阿里金融和菜鸟物流，其余资产都将打包上市。
　　
　　为了避免腐败、假货带来的市场风险，淘宝网的网络运营实体不在上市资产中，但由其产生的成本和收入将计入上市公司。
　　
　　阿里集团的主要收入来源于“淘宝＋天猫＋B2B”，其中前两者收入占据90％以上。其中，B2B收入来自所收取的中国供应商的年费、服务费及广告费；淘宝收入则完全来自各种广告收入，如与大卖家签订的KA框架协议（一年150万起）、直通车P4P、钻石展位业务、超级卖霸、天天特价等，以及少量的软件订购费；天猫收入则主要来源于广告、销售额分成和服务费，比如对卖家收取技术服务年费：6000元/年，销售分成是3％－5％不等。
　　
　　某种意义上来讲，目前的阿里巴巴更像一个定位明确的互联网广告公司。
　　
　　但是，业务之下的组织结构却令人眼花缭乱，其交织而成的关联交易或成上市最大的拦路虎。
　　
　　多位业内人士向《财经》记者表示，拥有25个事业部、200多家子公司的阿里巴巴，是中国互联网公司中架构最庞杂、关联交易最复杂的一家，这在过去削弱了雅虎等大股东对公司的知情权，却保证了马云等管理层对公司业务的控制力。
　　
　　2013年9月10日，阿里巴巴宣布了最新一次架构和人事变动，新增两个事业部并升级了两个事业群，至此阿里共有25个事业部+两个事业群。这些事业部业务彼此交叉、边界模糊、名称近似甚至部分员工是同一批人。
　　
　　比如，阿里事业部中包含的共享业务事业部、商家业务事业部、综合业务事业部、互动业务事业部，没有任何公开资料显示它们之间有明显区别。
　　
　　一位阿里员工入职时在一淘，后来被并入无线团队，今年又到了搜索事业部。而就在9月的一个早晨，这位员工收到邮件，发现被归入新设立的淘点点事业部。
　　
　　更复杂的还有阿里巴巴集团下属的子公司及关联公司。
　　
　　《财经》记者调查发现，支付宝只是阿里众多关联公司的代表之一，阿里集团旗下不为公众所知的子公司及关联公司可能多达200家以上。
　　
　　根据阿里内部财务资料，阿里内部的子公司分为九大体系：集团国内公司、集团***公司、B2B国内公司、B2B***公司、阿里云、阿里金融、淘宝、支付宝、雅虎，每个体系都下属6家－70家不等的国内外子公司或者关联公司。这些公司部分是马云个人持股或拥有80％以上的绝对控股。
　　
　　在淘宝体系下，子公司数量达到16个左右，如淘宝(中国)软件有限公司、浙江淘宝网络有限公司、杭州阿里科技有限公司、杭州淘宝信息技术有限公司、浙江天猫技术有限公司、浙江天猫网络有限公司等。
　　
　　其中，浙江天猫网络有限公司的工商注册资料显示，马云投资800万元，对该公司持股80％，而另一自然人谢世煌（阿里资本董事总经理）持股20％。这家2011年注册于杭州余杭区的公司中看不到阿里集团中其他股东的身影。在另一家名为浙江淘宝网络有限公司的股权架构中，马云个人持股80％。
　　
　　马云还在阿里巴巴集团公开投资过的公司中拥有个人股份。2013年1月，阿里集团宣布投资虾米音乐，这家名为杭州缪斯客网络科技有限公司的股权信息显示，浙江淘宝网络公司100％对其持股，上述公司均属于马云个人投资的公司。9月10日，虾米部分业务被整合进阿里数字娱乐事业群，将打包进阿里的上市资产。
　　
　　有律师认为，在VIE架构中，内资持牌公司往往采用自然人控股的方式，所以马云高持股的公司，未必是马云的个人公司，马云的股份代表的其实是集团利益。
　　
　　但据一位中资基金合伙人称，虽然不排除阿里集团和马云、谢世煌之间通过其他协议实现股东权益，但是这种关联交易存在隐患。投资者可能会认为：既然马云几乎在每一个阿里重要业务线之外都布局了大量关联公司，少数由自己控股的公司，那他就可以通过它们控制住阿里利益和业务输入、输出，必要时也可进行腾挪、转移。
　　
　　典型者如阿里金融，包括浙江阿里巴巴小额贷款股份有限公司和重庆阿里巴巴小额贷款股份有限公司。在2013年之前，阿里金融一直在阿里巴巴集团架构之下，属于集团直接管辖。但浙江阿里巴巴小额贷款股份有限公司从来就不属于集团，该公司从2010年成立之始，浙江阿里巴巴电子商务有限公司就是其最大股东，除此之外，马云、彭蕾、曾鸣、金建杭、邵晓峰各占股10％。
　　
　　而浙江阿里巴巴电子商务有限公司对于公众来说并不陌生。2011年，马云将支付宝从阿里剥离，就是装进了这家公司。
　　
　　工商资料显示，浙江阿里巴巴电子商务有限公司2000年开始营业，投资人（股权）和注册资本金有过多次变更，2013年1月11日变更后的股东结构为，杭州君澳股权投资合伙企业（有限企业）持有41.14％，谢世煌持有11.57％，马云持有46.29％。马云仍是此公司的最大股东。
　　
　　其中的杭州君澳股权投资是一家成立于2012年11月的公司，它的股东由彭蕾、陆兆禧、邵晓峰、曾鸣、王帅、姜鹏等20位高管组成。这些高管持股比例在2%－9%之间不等。
　　
　　“一家看不懂的公司很难受到资本市场的青睐。”独立互联网分析师葛甲说。股东会担心，马云随时可以在不告知股东的情况下对这家公司的业务或业绩进行调整。
　　
　　据内部人士透露，支付宝和阿里巴巴之前应当存在密切的数据和经营往来（每完成一笔费用，阿里需要向支付宝支付费用。2010年在淘宝每成交1000元淘宝可收入2.5元，其中0.7元给了支付宝）。而浙江淘宝网络、浙江天猫网络等马云持股80%的公司与阿里现有业务高度相关，都属于持续性关联交易。
　　
　　和君资本合伙人王丰称，阿里和支付宝之间无法划分清楚，阿里向卖家收取佣金，向支付宝支付手续费，如果想让支付宝多赚钱，就提高手续费，降低佣金比，那么自然利润调转入支付宝，反之则转出。这意味着，阿里在上市时，将面临比其他公司更多，也更严格的关于关联交易的合规审批和披露要求。
　　
　　一位证券投资银行部保荐代表人向《财经》记者表示，中国内地证交所对关联交